Berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 9 Hulu Sungai Selatan (HSS) / MTsN Habirau Negara ini pada tahun 1966, yang pada waktu itu hanya memiliki satu ruangan kelas yaitu kelas I, ruangan yang dipakai pada waktu itu hanyalah berasal dari rumah tua yang dijadikan ruang belajar anak, waktu belajarnya pun sore hari. Setelah berjalan satu tahun, waktu belajarnya diubah menjadi pagi hari dan tahun berikutnya madrasah ini di negerikan yakni pada tahun 6 Juli 1968 dan sudah memiliki dua buah ruangan belajar yaitu kelas I dan kelas II waktu itu yang meresmikan adalah Bapak K.H M. Dahlan dengan surat keputusan Menteri Agama No. 142 Tahun 1968 Stc.104/Kpt/0768.
Latar belakang MTsN Habirau ini dinegerikan, yang pertama adalah karena tuntutan masyarakat agar bisa madrasah ini segera dinegerikan. Faktor yang kedua adalah karena pihak pemerintah melihat perkembangan madrasah ini tergolong begitu pesat, kemudian pihak pemerintah merestui untuk penegeriannya yang tentunya menurut prosedur yang ada.Hingga pada tahun 2016 Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Selatan No. 891 Tahun 2016 mengeluarkan kembali SK Pendirian pada tanggal 22 September 2016.
Tahun 2016 MTsN Habirau Negara berubah namanya menjadi "MTsN 9 Hulu Sungai Selatan" sesuai dengan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 671 Tahun 2016 tentang perubahan Nama Madrasah di Provinsi Kalimantan selatan pada tanggal 17 Nopember 2016.
Pendiri Madrasah
Almarhum Kh. Ahmad Syamsuni merupakan tokoh utama dalam membangun Komplek Yayasan Pendidikan Islam Parigi (YAPIP) dari nol hingga besar seperti saat ini dan merupakan Kepala Madrasah MTsN 9 HSS (MTsN Habirau Negara) pertama, lahir 3 Agustus 1939 M dan wafat 22 Maret 2010 ini menghembuskan napas terakhirnya di Rumah Sakit Gatot Subroto Jakarta.Beliau salah satu ulama dari hulu sungai selatan (negara) yang samasa hidupnya istiqomah hadir dipengajian Abah Guru Sekumpul, usia beliau yang lebih tua dari Abah Guru tidak membuat beliau gengsi untuk menuntut ilmu kepada yang lebih muda, biasanya beliau istiqomah duduk dibelakang abah guru, beliau orang yang sangat tawadhu hingga nama majelis beliaupun beliau beri nama MAJELIS MUDZAKORAH AL IHYA.Bukan MAJELIS TA'LIM AL IHYA.
karena kata beliau kita sama-sama bamudzakorahan, dalam hal bermajelis beliau sangat bercermin ke Sekumpul baik kitab2 yg diajarkan ataupun cara penyampaian kepada jama'ah, imamah dikepala beliau pun beliau dapat langsung ijazahnya dari Abah Guru begitujuga majelis beliau langsung mendapat izin dari Syekh murabbi beliau ini, jelasnya beliau salah satu ulama didaerah negara yang melanjutkan jejak jalan Abah Guru Sekumpul.
